User:Boghog2/Sandbox

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[1]

  • 1 Superclass: Basic Domains (Basic-helix-loop-helix)
    • 1.1 Class: Leucine zipper factors (bZIP)
      • 1.1.1 Family: AP-1(-like) components
        • 1.1.1.1 Subfamily: Jun
          • 1.1.1.1.1 XBP-1 (X-box binding protein 1) (XBP1)
          • 1.1.1.2.2 c-Fos (FIGF)
          • 1.1.1.1.3 c-Jun (JUN)
          • 1.1.1.2.5 Fra-2
          • 1.1.1.3.7 NRL (neural retina leucine zipper) (NRL)
          • 1.1.1.4.1 NF-E2 p45 (NFE2)
          • 1.1.1.4.2 Nrf1 (NRF1)
          • 1.1.1.4.3 Nrf2 (NFE2L2)
        • 1.1.1.6 Subfamily: CRE-BP/ATF
          • 1.1.1.6.1 CREB-2
            • 1.1.1.6.1 CREB-2 (ATF2)
          • 1.1.1.6.2 ATF-3 (activating transcription factor 3)
            • 1.1.1.6.2.1 ATF-3 (ATF3)
            • 1.1.1.6.2.2 ATF-3DeltaZip
          • 1.1.1.6.3 CRE-BP (CREBBP)
            • 1.1.1.6.3.1 CRE-BP1
          • 1.1.1.6.4 CRE-BPa
            • 1.1.1.6.4 CRE-BPa
          • 1.1.1.6.5 ATF-a
            • 1.1.1.6.5.1 ATF-a
            • 1.1.1.6.5.2 ATF-aDelta
      • 1.1.2 Family: CREB
        • 1.1.2.0.1 CREB
          • 1.1.2.0.1.1 CREB-341
        • 1.1.2.0.2 ATF-1 (ATF1)
        • 1.1.2.0.3 CREM (CREM)
          • 1.1.2.0.3.14 ICER-II
          • 1.1.2.0.3.15 ICER-IIgamma
      • 1.1.3 Family: C/EBP-like factors
        • 1.1.3.0.1 C/EBPalpha (CEBPA)
        • 1.1.3.0.2 C/EBPbeta (CEBPB)
        • 1.1.3.0.4 C/EBPdelta (CEBPD)
        • 1.1.3.0.5 C/EBPepsilon (CEBPE)
        • 1.1.3.0.6 C/EBPgamma (CEBPG)
      • 1.1.4 Family: bZIP / PAR
        • 1.1.4.0.3 Hlf (HLF)
      • 1.1.5 Family: Plant G-box binding factors
      • 1.1.6 Family: ZIP only
        • 1.1.6.0.5 GCF
    • 1.2 Class: Helix-loop-helix factors (bHLH)
      • 1.2.1 Family: Ubiquitous (class A) factors
        • 1.2.1.0.1 E2A (E2A)
          • 1.2.1.0.1.1 E12
          • 1.2.1.0.1.2 E47
          • 1.2.1.0.1.3 ITF-1
        • 1.2.1.0.2 E2-2
          • 1.2.1.0.2.1 ITF-2 / SEF2-1B (TF4)
      • 1.2.2 Family: Myogenic transcription factors
        • 1.2.2.0.1 MyoD
        • 1.2.2.0.2 Myogenin (MYFG)
        • 1.2.2.0.3 Myf-5 (MYF5)
        • 1.2.2.0.4 MRF4 (MYFG)
      • 1.2.3 Family: Achaete-Scute
          • 1.2.3.0.6 MASH-1 (ASCL1)
        • 1.2.4 Family: Tal/Twist/Atonal/Hen
          • 1.2.4.1 Subfamily: Lymphoid factors
          • 1.2.4.2 Subfamily: Mesodermal Twist-like factors
            • 1.2.4.2.4 bHLH-EC2 (TCF15)
        • 1.2.4.3 Subfamily: HEN
        • 1.2.4.5 Subfamily: Pancreatic factors
          • 1.2.4.5.1 INSAF (INSAF)
        • 1.2.6 Family: Factors with PAS domain
        • 1.2.8 Family: HLH domain only
          • 1.2.8.0.2 Id1 (ID1)
          • 1.2.8.0.3 Id2 (ID2)
    • 1.3 Class: Helix-loop-helix / leucine zipper factors (bHLH-ZIP)
        • 1.3.1 Family: Ubiquitous bHLH-ZIP factors
          • 1.3.1.1 Subfamily: TFE3 (TFE3)
            • 1.3.1.1.1.1 TFE3-L
            • 1.3.1.1.2 TFEB (TFEB)
            • 1.3.1.1.4 Mi
          • 1.3.1.2 Subfamily: USF (USF1, USF2)
            • 1.3.1.2.3.1 USF2a
            • 1.3.1.2.3.2 USF2b
        • 1.3.1.3 Subfamily: SREBP (Sterol regulatory element binding protein)
          • 1.3.1.3.1.1 SREBP-1a (SREBF1)
          • 1.3.1.3.1.2 SREBP-1b
          • 1.3.1.3.1.3 SREBP-1c
          • 1.3.1.3.2 SREBP-2 (SREBF2)
        • 1.3.1.4 Subfamily: AP-4
      • 1.3.2 Family: Cell-cycle controlling factors
          • 1.3.2.1 Subfamily: Myc
          • 1.3.2.2 Subfamily: Mad/Max
            • 1.3.2.2.1.1 Max2
            • 1.3.2.2.1.2 Max1
            • 1.3.2.2.1.3 DeltaMax
            • 1.3.2.2.2 Mad1 (MXD1)
            • 1.3.2.2.3 Mxi1 (MXI1)
    • 1.4 Class: NF-1
      • 1.4.1 Family: NF-1
        • 1.4.1.0.3 NF-1C (NFIC)
          • 1.4.1.0.3.1 NF-1C1 / CTF-1
          • 1.4.1.0.3.2 NF-1C2 / CTF-2
          • 1.4.1.0.3.3 CTF-3
          • 1.4.1.0.3.5 CTF-5
          • 1.4.1.0.3.7 CTF-7
    • 1.5 Class: RF-X
      • 1.5.1 Family: RF-X
        • 1.5.1.0.2 RF-X2 (NFX2)
        • 1.5.1.0.3 RF-X3 (NFX3)
        • 1.5.1.0.4 RF-X5 (NFX5)
    • 1.6 Class: bHSH
        • 1.6.1 Family: AP-2
          • 1.6.1.0.1.1 AP-2alphaA
          • 1.6.1.0.1.5 AP-2alphaB
          • 1.6.1.0.2 AP-2beta
          • 1.6.1.0.3 AP-2gamma
  • 2 Superclass: Zinc-coordinating DNA-binding domains
    • 2.1 Class: Cys4 zinc finger of nuclear receptor type
      • 2.1.1 Family: Steroid hormone receptors
      • 2.1.2 Family: Thyroid hormone receptor-like factors
        • 2.1.2.1.1 RAR-alpha1 (RARA)
        • 2.1.2.1.2 RAR-beta2 (RARB)
        • 2.1.2.1.3 RAR-gamma (RARG)
        • 2.1.2.1.3 RAR-gamma1
        • 2.1.2.2.1 RXR-alpha (RXRA)
        • 2.1.2.2.2 RXR-beta (RXRB)
        • 2.1.2.3.1 T3R-alpha (THRA)
        • 2.1.2.3.1.1 T3R-alpha1
        • 2.1.2.3.1.2 T3R-alpha2
        • 2.1.2.3.2.1 T3R-beta1 (THRB)
        • 2.1.2.10.3.1 TR2-11 (NR2C1)
        • 2.1.2.10.3.2 TR2-5
        • 2.1.2.10.3.3 TR2-9
        • 2.1.1.2.10.5 COUP-TFI (NR2F1)
        • 2.1.2.11.1.1 Hepatocyte nuclear factor-4|HNF-4alpha1 (HNF4A)
        • 2.1.2.11.1.2 HNF-4alpha2
        • 2.1.2.11.1.3 HNF-4alpha3
        • 2.1.2.11.1.4 HNF-4alpha4
        • 2.1.2.11.3 HNF-4gamma (HNF4G)
    • 2.2 Class: diverse Cys4 zinc fingers
    • 2.3 Class: Cys2His2 zinc finger domain
      • 2.3.1 Family: Ubiquitous factors
      • 2.3.2 Family: Developmental / cell cycle regulators
      • 2.3.4 Family: Large factors with NF-6B-like binding properties
        • 2.3.4.0.1 HIV-EP1 (HIVEP1)
        • 2.3.4.0.2 HIV-EP2 (HIVEP2)
        • 2.3.4.0.3 MBP-2
        • 2.3.4.0.4 KBP-1
    • 2.4 Class: Cys6 cysteine-zinc cluster
    • 2.5 Class: Zinc fingers of alternating composition
  • 3 Superclass: Helix-turn-helix
    • 3.1 Class: Homeo domain
      • 3.1.1 Family: Homeo domain only
        • 3.1.1.1 Subfamily: AbdB
          • 3.1.1.1.3 HOXA9 (HOXA9)
          • 3.1.1.1.4 HOXB9 (HOXB9)
          • 3.1.1.1.6 HOXD9 (HOXD9)
          • 3.1.1.1.7.1 PL1
          • 3.1.1.1.7.2 PL2
          • 3.1.1.1.9 HOXD10 (HOXD10)
        • 3.1.1.2 Subfamily: Antp
          • 3.1.1.2.10 HOXB3 (HOXB3)
          • 3.1.1.2.12 HOXA4 (HOXA4)
          • 3.1.1.2.13 HOXB4 (HOXB4)
          • 3.1.1.2.15 HOXD4 (HOXD4)
          • 3.1.1.2.16 HOXA5 (HOXA5)
          • 3.1.1.2.17 HOXB5 (HOXB5)
          • 3.1.1.2.18 HOXC5 (HOXC5)
          • 3.1.1.2.20 HOXB6 (HOXB6)
          • 3.1.1.2.21 HOXC6 (HOXC6)
          • 3.1.1.2.22 HOXA7 (HOXA7)
          • 3.1.1.2.23 HOXB7 (HOXB7)
        • 3.1.1.4 Subfamily: Cut
        • 3.1.1.6 Subfamily: Ems
          • 3.1.1.6.2 EMX1 (EMX1)
          • 3.1.1.6.3 EMX2 (EMX2)
        • 3.1.1.7 Subfamily: En (engrailed homeobox)
          • 3.1.1.7.2 En-1 (EN1)
          • 3.1.1.7.3 En-2 (EN2)
        • 3.1.1.8 Subfamily: Eve (even-skipped homeobox)
          • 3.1.1.8.2 Evx-1 (EVX1)
        • 3.1.1.9 Subfamily: Prd
          • 3.1.1.9.4 K-2
          • 3.1.1.9.7 Otx1 (OTX1)
          • 3.1.1.9.8 Otx2 (OTX2)
        • 3.1.1.11 Subfamily: H2.0
          • 3.1.1.11.1 HB24
          • 3.1.1.11.2 Hox11 / Hlx (HLX)
        • 3.1.1.12 Subfamily: HNF1
          • 3.1.1.12.1.1 HNF-1A (TCF1)
          • 3.1.1.12.1.2 HNF-1B
          • 3.1.1.12.1.3 HNF-1C
          • 3.1.1.12.2.1 vHNF-1A (TCF2)
          • 3.1.1.12.2.2 vHNF-1B
          • 3.1.1.12.2.3 vHNF-1C
        • 3.1.1.13 Subfamily: Lab
          • 3.1.1.13.1 HOXA1 (HOXA1)
          • 3.1.1.13.2 HOXB1 (HOXB1)
        • 3.1.1.14 Subfamily: Msh
          • 3.1.1.14.1 Msx-1 (MSX1)
          • 3.1.1.14.2 Msx-2 (MSX2)
        • 3.1.1.15 Subfamily: NK-2
        • 3.1.1.18 Subfamily: PBC
          • 3.1.1.18.4.1 Pbx1a (PBX1)
          • 3.1.1.18.4.2 Pbx1b (PBX2)
        • 3.1.1.0 Subfamily: not assigned
          • 3.1.1.0.8 Prh (proline-rich protein HaeIII) (PRH1, PRH1)
      • 3.1.2 Family: POU domain factors
        • 3.1.2.1 Subfamily: I
        • 3.1.2.2 Subfamily: II
          • 3.1.2.2.1 Oct-1 (POU2F1)
          • 3.1.2.2.2.1 Oct-2.1 (POU2F2)
          • 3.1.2.2.2.2 Oct-2.2/Oct-2A
          • 3.1.2.2.2.5 Oct-2.5/Oct-2B
        • 3.1.2.3 Subfamily: III
          • 3.1.2.3.2.1 N-Oct-3 (POU5F1)
          • 3.1.2.3.2.2 N-Oct-5A
          • 3.1.2.3.2.3 N-Oct-5B
          • 3.1.2.3.3 Oct-6 (POU3F1)
          • 3.1.2.3.4 Brn-4 (POU3F4)
        • 3.1.2.4 Subfamily: IV
        • 3.1.2.5 Subfamily: V
          • 3.1.2.5.1.2 Oct-3A
          • 3.1.2.5.1.3 Oct-3B
        • 3.1.2.6 Subfamily: VI
          • 3.1.2.6.2 TCFbeta1
      • 3.1.3 Family: Homeo domain with LIM region
        • 3.1.3.1 Subfamily: Homeo domain with LIM region
          • 3.1.3.1.4 Lim-1
          • 3.1.3.1.6 LH-2
      • 3.1.4 Family: homeo domain plus zinc finger motifs
        • 3.1.4.0.1.1 ATBF1-B (ATBF1)
        • 3.1.4.0.1.2 ATBF1-A
    • 3.2 Class: Paired box
      • 3.2.1 Family: Paired plus homeo domain
        • 3.2.1.0.2 Pax-3 (PAX3)
        • 3.2.1.0.3 Pax-6 (PAX6)
          • 3.2.1.0.3.1 Pax-6 / Pd-5
        • 3.2.1.0.4 Pax-7 (PAX7)
      • 3.2.2 Family: Paired domain only
        • 3.2.2.0.1 Pax-1 (PAX1)
        • 3.2.2.0.3 Pax-5 (PAX5)
        • 3.2.2.0.4.1 Pax-8a (PAX8)
        • 3.2.2.0.4.2 Pax-8b
        • 3.2.2.0.4.3 Pax-8c
        • 3.2.2.0.4.4 Pax-8d
    • 3.3 Class: Fork head / winged helix
      • 3.3.1 Family: Developmental regulators
      • 3.3.2 Family: Tissue-specific regulators
        • 3.3.2.0.1 HNF-3alpha (FOXM1)
      • 3.3.3 Family: Cell-cycle controlling factors
        • 3.3.3.1 Subfamily: E2F
          • 3.3.3.1.1 E2F-1 (E2F1)
          • 3.3.3.1.2 E2F-2 (E2F2)
          • 3.3.3.1.3 E2F-3 (E2F3)
          • 3.3.3.1.4 E2F-4 (E2F4)
          • 3.3.3.1.5 E2F-5 (E2F5)
          • 3.3.3.1.6 E2F-6 (E2F6)
          • 3.3.3.1.7 E2F-7 (E2F7)
          • 3.3.3.1.8 E2F-8 (E2F8)
        • 3.3.3.2 Subfamily: DP
      • 3.3.0 Family: Other regulators
        • 3.3.0.0.1 ILF (ILF2, ILF3)
        • 3.3.0.0.26 BF-2
    • 3.4 Class: Heat shock factors
      • 3.4.1 Family: HSF
        • 3.4.1.0.1.1 HSF1 (long) (HSF1)
        • 3.4.1.0.1.2 HSF1 (short)
        • 3.4.1.0.2 HSF2 (HSF2)
    • 3.5 Class: Tryptophan clusters
      • 3.5.1 Family: Myb
        • 3.5.1.1 Subfamily: Myb-factors
      • 3.5.2 Family: Ets-type
        • 3.5.2.0.1.1 c-Ets-1 p54 (ETS1)
        • 3.5.2.0.1.4 Ets-1 DeltaVII
        • 3.5.2.0.2 Ets-2 (ETS2)
        • 3.5.2.0.4 PEA3 (polyomavirus enhancer activator 3)
        • 3.5.2.0.5 Elk-1 (ELK1)
        • 3.5.2.0.6.1 SAP-1a
        • 3.5.2.0.7 SAP-2
        • 3.5.2.0.8.1 Erg-1
        • 3.5.2.0.8.2 Erg-2
        • 3.5.2.0.8.3 p38erg
        • 3.5.2.0.11 Spi-B
        • 3.5.2.0.12 E4TF1-60 / GABP-alpha (GABPA)
        • 3.5.2.0.13 Elf-1 (ELF1)
        • 3.5.2.0.14 Tel
      • 3.5.3 Family: Interferon regulatory factors
        • 3.5.3.0.1 IRF-1 (IRF1)
        • 3.5.3.0.2 IRF-2 (IRF2)
        • 3.5.3.0.7 ISGF-3gamma (Interferon Stimulated Gene Factor)
    • 3.6 Class: TEA domain
      • 3.6.1 Family: TEA
        • 3.6.1.0.1 TEF-1 (TEAD1)
  • 4 Superclass: beta-Scaffold Factors with Minor Groove Contacts
    • 4.1 Class: RHR (Rel homology region)
      • 4.1.1 Family: Rel/ankyrin
        • 4.1.1.0.1 NF-kappaB1 (NFKB1)
          • 4.1.1.0.1.1 p105
          • 4.1.1.0.1.2 p50
        • 4.1.1.0.2 NF-kappaB2 (NFKB2)
          • 4.1.1.0.2.1 p100
          • 4.1.1.0.2.2 p52
          • 4.1.1.0.2.3 p49
        • 4.1.1.0.3 RelA (RELA)
          • 4.1.1.0.3.1 p65
          • 4.1.1.0.3.2 p65Delta
        • 4.1.1.0.4 RelB (RELB)
        • 4.1.1.0.5 c-Rel (REL)
      • 4.1.2 Family: ankyrin only
        • 4.1.2.0.1 IkappaBalpha (NFKBIA)
        • 4.1.2.0.2 IkappaBbeta (NFKBIB)
        • 4.1.2.0.4 IkappaBR
        • 4.1.2.0.5 Bcl-3 (BCL3)
      • 4.1.3 Family: NF-AT
    • 4.2 Class: STAT
      • 4.2.1 Family: STAT
        • 4.2.1.0.1.1 p91
        • 4.2.1.0.1.2 p84
        • 4.2.1.0.2 STAT2 (STAT2)
        • 4.2.1.0.3 STAT3 (STAT3)
        • 4.2.1.0.4 STAT4 (STAT4)
        • 4.2.1.0.7 STAT6 (STAT6)
    • 4.3 Class: p53
      • 4.3.1 Family: p53
    • 4.4 Class: MADS box
      • 4.4.1 Family: Regulators of differentiation
        • 4.4.1.1 Subfamily: MEF-2 (myocyte enhancer factor 2)
          • 4.4.1.1.1.1 MEF-2A (MEF2A)
          • 4.4.1.1.1.2 aMEF-2
          • 4.4.1.1.1.3 RSRFC4
          • 4.4.1.1.1.4 RSRFC9
          • 4.4.1.1.2.1 MEF-2B1(MEF2B)
          • 4.4.1.1.3.1 MEF-2C (MEF2C)
          • 4.4.1.1.3.2 MEF-2C/ Delta8
          • 4.4.1.1.3.3 MEF-2C/Delta32
          • 4.4.1.1.3.4 MEF-2C/Delta8,Delta32
          • 4.4.1.1.4.1 MEF-2DAB (MEF2D)
          • 4.4.1.1.4.2 MEF-2DA'B
          • 4.4.1.1.4.3 MEF-2D0B
          • 4.4.1.1.4.4 MEF-2DA0
          • 4.4.1.1.4.5 MEF-2DA'0
          • 4.4.1.1.4.6 MEF-2D00
        • 4.4.2 Family: Responders to external signals
          • 4.4.2.0.1 SRF (serum response factor) (SRF)
    • 4.5 Class: beta-Barrel alpha-helix transcription factors
    • 4.6 Class: TATA binding proteins
      • 4.6.1 Family: TBP
        • 4.6.1.0.1 TBP (TBP)
    • 4.7 Class: HMG
      • 4.7.1 Family: SOX
        • 4.7.1.0.1 SRY (sex determining region Y)
        • 4.7.1.0.3 Sox-4 (SOX4)
        • 4.7.1.0.4 Sox-5 (SOX5)
        • 4.7.1.0.5 Sox-9 (SOX9)
      • 4.7.2 Family: TCF-1
        • 4.7.2.0.2 TCF-1 (TCF1)
          • 4.7.2.0.2.1 TCF-1A
          • 4.7.2.0.2.2 TCF-1B
          • 4.7.2.0.2.3 TCF-1C
          • 4.7.2.0.2.4 TCF-1D
          • 4.7.2.0.2.5 TCF-1E
          • 4.7.2.0.2.6 TCF-1F
          • 4.7.2.0.2.7 TCF-1G
      • 4.7.3 Family: HMG2-related
        • 4.7.3.0.1 SSRP1 (SSRP1)
      • 4.7.5 Family: MATA
    • 4.8 Class: Heteromeric CCAAT factors
      • 4.8.1 Family: Heteromeric CCAAT factors
        • 4.8.1.0.1 CP1A
    • 4.9 Class: Grainyhead
      • 4.9.1 Family: Grainyhead
        • 4.9.1.0.1 CP2
        • 4.9.1.0.2 LBP-1a
    • 4.10 Class: Cold-shock domain factors
      • 4.10.1 Family: csd
        • 4.10.1.1 Subfamily: A (DbpA-like)
          • 4.10.1.1.1.1 DbpA (CSDA)
          • 4.10.1.1.1.2 DbpAv
        • 4.10.1.2 Subfamily: B (YB-1/DbpB-like)
          • 4.10.1.2.1 YB-1 / DbpB / EFI (YBX1)
    • 4.11 Class: Runt
      • 4.11.1 Family: Runt
        • 4.11.1.1 Subfamily: PEBP2alphaA (RUNX2)
          • 4.11.1.1.1.5 PEBP2alphaA1/AML-3
        • 4.11.1.2 Subfamily: PEBP2alphaB
          • 4.11.1.2.1 PEBP2alphaB/AML1
          • 4.11.1.2.1.1 PEBP2alphaB1/AML1b
          • 4.11.1.2.1.3 AML1a (RUNX1)
          • 4.11.1.2.1.4 AML1c
          • 4.11.1.2.1.5 AML1DeltaN
        • 4.11.1.3 Subfamily: PEBP2alphaC
          • 4.11.1.3.1 PEBP2alphaC1/AML2 (RUNX3)
  • 0 Superclass: Other Transcription Factors
    • 0.1 Class: Copper fist proteins
    • 0.2 Class: HMGI(Y) (HMGA1)
      • 0.2.1 Family: HMGI(Y)
        • 0.2.1.0.1.1 HMG I
        • 0.2.1.0.1.2 HMG Y
        • 0.2.1.0.2 HMGI-C
    • 0.3 Class: Pocket domain
        • 0.3.1 Family: Rb
          • 0.3.1.0.1 Rb
          • 0.3.1.0.2 p107
    • 0.4 Class: E1A-like factors
    • 0.5 Class: AP2/EREBP-related factors

[edit] References

  1. ^ Stegmaier P, Kel AE, Wingender E (2004). "Systematic DNA-binding domain classification of transcription factors". Genome informatics. International Conference on Genome Informatics 15 (2): 276-86. PMID 15706513.